A história acontece alguns anos após o final de Yakuza 4, com a viagem de Haruka para Osaka. Onde acaba descobrindo os planos sinistros da sua agência. Kazuma trabalha como motorista de táxi em Fukuoka, enquanto Taiga está cumprindo uma pena de três anos na cadeia. E Shun Akiyama está no meio de uma viagem de negócios em Osaka.
Os desenvolvedores prometem o maior título da série, com cinco áreas (Tóquio, Nagoya, Osaka, Fukuoka e Hokkaido). Melhorias nos controles, além de transições imperceptíveis entre as batalhas e cenas de aventura.