No jogo de captura de monstros em terceira pessoa, o usuário será capaz de salvar seu progressos e transferir suas informações em ambos consoles via wi-fi. Para isso, o jogador precisará fazer download de um aplicativo gratuito no 3DS eShop. Com isso será possível continuar seu jogo em qualquer lugar: em casa ou fora dela.
Além disso, um jogador do Wii U e outros três usuário do 3DS poderão jogar no modo cooperativo por meio do wi-fi. "Nós queríamos que as pessoas jogassem juntas", disse Ryozo Tsujimoto, desenvolvedor de Monster Hunter 3 Ultimate. "Infelizmente a versão para 3DS não dá para fazer isso, então criamos esse modo para eles jogarem juntos.