O jogo terá como palco de sua ação a cidade de Nova Iorque, no ano de 2047, agora completamente tomada pelo Nanodome, criado pela Cell Corporation. Como a primeira imagem de ontem deixava antever, a cidade foi tomada pela densa floresta tropical, onde as árvores e a vegetação tomaram conta os edifícios e ruas. Não teremos apenas uma vegetação no ambiente urbano, mas também poderemos encontrar com rios e pântanos.
Este novo clima gerou diversos tipos de ambiente, são sete no total, e são chamados de Seven Wonders. Com este novo ambiente de floresta misturada com a cidade, também teremos novidades nas armas, na arte já podemos ver o uso pelo Prophet do arco e flecha.
Estas zonas que foram comprometidas pelo Nanodomes, e a real atividade da Cell Corporation, são o ponto de partida para uma missão de vingança para a personagem do jogo, o Prophet.